Центр исследований и разработок ЕМС, подразделение корпорации EMC (NYSE:EMC), мирового лидера на рынке продуктов, услуг и решений для хранения и управления информацией, подписал соглашение о сотрудничестве с Академическим университетом Российской Академии наук.
Со стороны АУ РАН договор подписан ректором университета, академиком, нобелевским лауреатом Жоресом Ивановичем Алферовым.
Цель соглашения - объединить усилия по созданию легкой и удобной в использовании облачной платформы, применимой в клинической медицине для анализа геномных данных. Разработка поможет выявлять так называемые <гибридные гены>, которые в большинстве случаев являются причинами возникновения злокачественных опухолей. Помимо прочих задач, их обнаружение поможет значительно упростить диагностику онкологических заболеваний.
В основе решения - разрабатываемые специалистами лаборатории Алгоритмической биологии
АУ РАН программные продукты SPAdes и QUAST. SPAdes - это геномный ассемблер, созданный под руководством Павла Певзнера, одного из ведущих мировых ученых, занимающихся проблемами биоинформатики и вычислительной биологии. rnaSPAdes собирает воедино разрозненные данные, полученные после успешных РНК-секвенирований, произведенных на наиболее популярных сегодня платформах Illumina и IonTorrent. Качество транскриптомных сборок, создаваемых rnaSPAdes, должно быть сравнимо с результатами, получаемыми из наиболее продвинутых РНК-сборщиков. Ожидается, что rnaSPAdes будет управляться через командную строку, а значит как сама программа, так и проводимый ею полный процесс обработки будут удобны для практического применения.
QUAST (<Кваст>) - это программный инструмент, с помощью которого будет производиться оценка качества создаваемых ассемблерами транскриптомных сборок и их сравнение. При этом QUAST сможет работать как при наличии референсного генома (уже известного генома, близкого к анализируемому),
так и без него. Планируется, что данные оценки можно будет представить в виде наглядных таблиц с характеристиками каждой сборки, а также графически отобразить их сравнение.
Участие в проекте центра исследований и разработок EMC фокусируются на подготовке облачной инфраструктуры для хранения генетических данных и выполнении биоинформатических вычислений для их правильного и качественного анализа.
Соглашение между организациями вступает в силу 1 июля. Руководить проектом со стороны Академического университета будет Алла Лапидус, заместитель директора Лаборатории Алгоритмической Биологии Академического Университета РАН.
<Мы надеемся, что наш совместный проект найдет самое широкое применения,- говорит Камиль Исаев, генеральный директор Центра разработок и исследований EMC в <Сколково>.- <Многие онкологические заболевания обладают высоким уровнем смертности. Наша платформа поможет предупредить развитие заболевания, определив его наличие на ранних стадиях. Своевременно поставленные диагнозы в будущем спасут множество жизней.
Наши партнеры по проекту из лаборатории алгоритмической биологии - ведущие специалисты своей отрасли, чья работа отмечена многочисленными наградами. Мы рады сотрудничать с ними и, со своей стороны, будем использовать весь багаж накопленного EMC опыта, чтобы вместе добиться успеха>.
<В результате мы хотим получить полноценное решение, которое поможет значительно облегчить диагностику онкологических заболеваний - говорит Алла Лапидус. - <Исследование рака на ранней стадии - это рынок с огромной капитализацией. Создание понятного продукта с удобным интерфейсом, который
к тому же обладает высокой производительностью, позволит использовать эту разработку на коммерческих платформах, где каждый сэкономленный час представляет ценность. Наше сотрудничество с Центром исследований и разработок компании EMC, являющейся признанным лидером в области хранения
и обработки данных позволяет воплотить эти замыслы в полном объеме>.
О лаборатории алгоритмической биологии Санкт-Петербургского Академического Университета РАН
Лаборатория алгоритмической биологии создана на базе Санкт-Петербургского Академического университета РАН под руководством профессоров Павла Певзнера и Максима Алексеева и при поддержке Министерства образования и науки РФ (Постановление 220, <Мегагрант>). Лаборатория решает важнейшие алгоритмические и вычислительные задачи геномики и протеомики, находящиеся на острие биоинформатики и являющиеся источниками горячих научных споров. Мы сотрудничаем с ведущими экспертами в биоинформатике из США и России.
