Алетейя биологии Александра Коротяева

Сообщение послал(а): Владимир (77.108.83.138)
Дата: Суббота, 19 Апреля 2008, at 10:33 a.m.

Обзор системного языка в книге "Механизмы саморегуляции бактериальной клетки." А.И. Коротяев. "Медицина" М73.

Книга была написана в момент подъема системной биологии, когда ничего не предвещало закрытия этой области. Поэтому с одной стороны были обнажены смыслы, они еще не заматерели, а область системной биологии не закрыли (как закрыли в свое время синтетическую биологию). Сейчас мы имеем бессильное философствование, изощренные технические результаты и начало построение биочипов и живой ткани и все это в ядовитом тумане жидо-масонского одурения. (см приложение линков А.)

алетейя
Человеческое бытие может быть в истине и не в истине - истина как открытость должна быть вырвана, похищена у сущего. У позднего Хайдеггера истина - несокрытость, алетейя. Истина по существу тождественна бытию. История бытия - это история его забвения, история истины - это история ее гносеологизации. [Фил. Энц]

Приведем подборку лексем, разбитых на темы: эволюции, механизм, синтез синтеза, нелокальность - квантовый компьютинг

=== Эволюции ===

Клетка как универсальная единица жизни оказалась настолько совершенной формой организации живой материи, что в процессе эволюции от одноклеточных до высших многоклеточных организмов она сохранила все основные черты своего строения, а следовательно, и функции. [6]
Все структуры, из упорядоченного сочетания которых возникла простейшая живая система, сами подвергались дальнейшему развитию и усложнению, в процессе которого клетка усложнялась в морфологическом и физиологическом отношении. [34]
Хотя клетка как основная структурная единица сохранилась на всех уровнях развития живой материи, ее собственная организация и соответственно функции также развивались и усложнялись сообразно общему ходу эволюции. Более сложным функциям высших организмов соответствует и более сложная организация клеток, из которых они построены. Каждая более сложная структура имеет своего предшественника, все равно идет ли речь о субклеточных структурах или многоклеточных организмах. [35]
Решающий шаг в эволюции современных живых систем - это установление связи (типа симбиоза) между системой нуклеиновых кислот и белковой системой, связи которая стала возможной благодаря возникновению рибосомного аппарата. [35]
Rem:
- Была ли эволюция клетки, возникновение новых функций, органов, системных свойств (например нейрон)
- Достигла ли клетка (обладала всегда) психологией? Есть ли психологический контакт исследователя с одноклеточным организмом? Например есть психологический контакт человека с ЭВМ (особенно ламповыми). См. книгу "Интеллектуальная клетка" (Cell Intelligence. Guenter Albrecht-Buehler, http://www.basic.northwestern.edu/g-buehler/cellint0.htm). Есть ли молекулярная память? Есть ли самосознание клетки?
- таким образом с обеих сторон временной оси клетку окружает психо-эфирные структуры.
Эволюция клетки проявляется по мере развертывания книги. Вершина системного описания раздел "Регуляция процессов репликации и сегрегации бактериальных хромосом" стр. 233-245

=== Механизм ===

Название книги:
Механизмы саморегуляции бактериальной клетки.
Можно дать подзаголовок "Познание сущности жизни и ее происхождения" [152]

Механизм, контролирующий активность ферментов, может действовать независимо от механизма контролирующего биосинтез ферментов. [83]
Rem:
Доформулируем: "Механизм управления клетки включает независимые механизм контроля активности ферментов и механизм контроля биосинтеза ферментов". Возрадуйся фон Нейман!
Что синтезирует (организует) синтез синтеза?
То что Коротяев называет "механизмом" сейчас распадается в технологии: механотроника, MEMS, биочипы, квантовые компьютеры.

механизм аллостерического подавления [96]
Rem:
Сейчас бы сказали: "квантовый (нелокальный) процессор аллостерического подавления"

механизм регуляции считывания оперона [119]

механизм контроля скорости синтеза рибосомальной РНК [169]

=== Синтез синтеза ===

Регуляция биосинтеза ферментов осуществляется структурными генами и соответствующими операторами, представляющими физически единую группу сцепления на хромосоме. Индукция или репрессия таких оперонов дает плейотропный эффект и приводит к количественно координированному биосинтезу ферментов, принимающих участие в той или иной цепи реакций одного биохимического пути. В этих случаях последовательные и функционально связанные реакции контролируются едиными группами сцепленных генов, каждая из которых представляет собой самостоятельную единицу транскрипции. [122]
Rem:
Что синтезирует (организует) синтез синтеза?
Сколько уровней синтеза синтеза?

Особенностью механизма регуляции выражения генов аргининового пути - наличие пяти самостоятельных оперонов, находящихся под управлением 1-2 генов-регуляторов, дает основание полагать, что система генетического контроля представлена не только оперонами, но и более сложными функциональными единицами, которые можно назвать регулонами. Регулон представляет собой систему, состоящую из гена-регулятора и одного или нескольких оперонов, находящихся под его управлением. [128]

Изучение полного набора генов, групп сцеплений, ориентации в них генов и взаимоотношения с ферментными системами, а также взаимодействие как внутри групп сцеплений, так и между пространственно разобщенными структурными генами или оперонами безусловно приведет к выявлению дополнительных факторов, участвующих в регуляции выражения содержащейся в структурных цистонах информации. Завеса, окутывающая все эти процессы, лишь чуть-чуть приоткрыта, однако выясненное не оставляет сомнения в том, что сложная структура хромосомы не является просто пассивным хранителем генетической информации, накопленной в процессе эволюции. Хромосома несет в себе элементы, позволяющие автоматически в соответствии с условиями окружающей среды контролировать во времени и в пространстве процессы реализации заключенной в ней информации. И хотя не все детали этого контрольного механизма сейчас известны, не подлежит сомнению, что в его основе лежит координированное взаимодействие биополимеров с относительно низкомолекулярными метаболитами. С этой точки зрения индукторы и репрессоры можно рассматривать как своеобразные метаболические "ключи", с помощью которых окружающая среда производит автоматическое "зажигание" и "выключение" белкосинтезирующей системы клетки. [134]
Rem:
Явно строки написанные во вдохновении. Это чувствовал Леонид Леонов, когда писал "Пирамиду".

Из способности белка специфически взаимодействовать с определенными субстратами, аллостерическими и метаболическими эффекторами, которые сами в свою очередь являются продуктами действия ферментов, возникли фундаментальные механизмы управления скоростями биохимических реакций, составляющие основу клеточной саморегуляции. Поскольку решающая роль в них принадлежит белку, совершенно очевидно, что должны были возникнуть системы, с помощью которых оказалось возможным синтезировать каждый раз заново и в необходимом количестве специфические белки. [151]

Рибосомы являются "святая святых" клетки, так как именно в них совершается самое удивительное "таинство" живой материи - биосинтез белка. [152]

Основным компонентом белкосинтезирующей системы клетки является рибосома 70S. Она объединяет все компоненты и при их участии осуществляет синтез белковой молекулы. [155]

локус RC, контролирующий синтез РНК [169]

потоки генетической информации [190]

молекулярно-биологическая основа клеточного цикла [190]
Rem:
Круг в доказательстве (идеологический софизм) и противоречие.
То что жизненный цикл клетки основывается только на молекулярных свойствах еще надо доказать.
Молекулярно-биологическое это наличное вещество со своими свойствами, а биологическое это организм со своими свойствами. Т.е. свойства молекул переходят в системные свойства сложных молекул, и система сложных молекул образует органелы - и клетка, как целое организует сверху органелы в клетку. Т.е за одним дефисом стоит четыре редукционных дефиса и на каждом происходит скачок системной организации. И анализ системных скачков подавляется жидо-масонами. Впрочем торможение погружения в сущность жизни может быть проявлением Сил, управляющих скоростью развития технологий. Что было бы сейчас, если бы уже в 70-е года начали создавать биочипы?

Можно предположить, что в составе хромосомы имеется особый регулон, управляющий биосинтезом ферментов, которые обеспечивают функцию самопроизводства ДНК с одновременным контролем целостности ее структуры, а следовательно и сохранности генома. [260]

ультраструктура бактерий (библ.) [261]

модели аллостерических ферментов и их анализ методом теории графов (библ.) [261]

телеономические механизмы в процессах клеточного обмена, роста и дифференцировки (библ.) [262]

аллостерические белки и клеточные системы регуляции (библ.) [262]

=== Нелокальность, квантовый компьютинг ===
Контроль за биосинтезом аргинина у E. coli R-12 осуществляется несколькими генетическими локусами. Существенно при этом то что локусы структурных генов не образуют единой группы сцепления, а разбросаны по разным участкам хромосомы. [126]
Rem:
А что если постулировать, что внутри нейрона и между нейронами происходит аналогичной взаимодействие. Ведь если есть нелокальность, то расстояние уже перестает играть роль.

В какой мере модель с участием оператора применима для объяснения регуляции пространственно обобщенных структурных цистонов. [126]

Какова природа связи оператора с репрессором? [138]

Координирование скоростей синтеза макромолекул и поддержание их на определенном уровне. [167]

Совершенство механизмов клеточной саморегуляции именно в том и заключается, что оно позволяет осуществлять одновременный автоматический контроль над скоростью всех биохимических процессов путем регулирования количественного и качественного содержания ферментов, т.е. скорости и последовательности их биосинтеза и управления активностью. [200]
Rem:
Тут закралось слово "автоматически". Что значит автоматически, откуда идет автоматизм? Тридцать лет клеточных автоматов (попытка доказать жидо-масонский принцип "порядок из хаоса") показали тупиковость самоорганизации, самоавтоматизации. (Хотя самоорганизация клеточных автоматов - это человек в шкафу играющий роль автомата.) Значит кто-то автоматизировал - создал систему, а "порядок из хаоса" это паразитизм.

Для того чтобы по всей клетке и во всех ее структурах в одно и то же время могли осуществляться различные биохимические процессы, контрроль синтеза соответствующих ферментов (или группы ферментов) должен быть также одновременным и относительно автономным. [200]

возникновение биологической организации (библ.) [261]

Th 316. Советская биология 1973 года
Th 326. Аллостерический или интеллектуальный?

Приложение А.
I.
Theoretical Biologists, Philosophers of Biology, Historians of Biology and scholars of Social Studies of Biology
http://www.nbi.dk/%7Eemmeche/theobiophi.html#Research
http://www.nbi.dk/%7Eemmeche/
Major Publications in Biosemiotics
http://www.biosemiotics.org/books.html

II.
Полное описание биохимических процессов в клетке:
http://www.expasy.ch/tools/pathways/boehringer_legends.html
http://www.expasy.ch/cgi-bin/show_thumbnails.pl
http://www.expasy.ch/cgi-bin/show_thumbnails.pl?2
99 + 116 225 файлов размером 720 х 600 пиксел с плотно упакованными диаграммами.

III.
Галерея биохимии
Nucleic Acids Research
http://nar.oxfordjournals.org/

IV. Литература по биочипам и биопечати (тексты и ссылки в проекте ИИ_НАНО).
Bioprinting Workshop by Dick Peterson
Символ концепции биопечати
Organ Printing
Компьютерная онтология жизни
В.В.Смолянинов. Математические модели биологических тканей
Глазные имплантанты
Printing Blood Vessels By Kate Greene
Print me a heart and a set of arteries Peter Aldhous
Нейрословарь. Формообразование мозга
Спасти страну - спасая человека. Александр Алексеев
Соединительно-тканная теория
DARPA.Engineered Tissue Constructs
DARPA.Metabolic Engineering
NIST. Мускульная ткань
NIST.A synthetic dermal matrix
Правила эмбриологии Савельева 126 - 138
Нейрословарь. Энтелехия.
---
Медицинский калькулятор. Словарь Лигурия
Компилятор Линукс - компилятор биочипа
From the "logic of the molecular syntax" to molecular pragmatism. Guenther Witzany (.doc)
Нейроморфные микрочипы. Квабена Боахен
Engines of Creation. K. Eric Drexler
Машины творения. Эрик Дрекслер
Advanced Neural Implants and Control. Daryl R. Kipke
GCC. Полное руководство. А. Гриффитс
Using the GNU Compiler Collection. Richard M. Stallman, GCC Developer Community
Platforms for Protein Identification, Expression and Control at the Single Cell Level in the Post-Genomics Era.
Restoring Lost Cognitive Function. Hippocampal-Cortical Neural Prostheses. Theodore W. Berger a.a.
Interactive Neuronal and Nanoelectronic/photonic circuits J. Anderson a.a.
Нейро-молекулярные галлереи
Ultimate Computing Biomolecular Consciousness and NanoTechnology. Stuart R. Hameroff
MOLDICE. Program Summary Book.
Software Verification of Biomolecular Systems. Gabriel Ciobanu
Simulation of Bio Simulation of Bio-Molecular Microsystems Molecular Microsystems (SIMBIOSYS). Overview. Anantha Krishnan
Simulation of Bio-Molecular Microsystems (SIMBIOSYS). Background
Мозг. Сборник статей Scientific American 1979

Добавления в другие разделы

ИИ_НАНО. Минимальный вычислитель.
По мнению Morovitz и Tourtelotte, живые организмы не могут быть меньше 500 анг (0,05 мк), поскольку они должны иметь ограничивающую мембрану толщиной 100 анг и минимум 150 макромолекул, необходимых для проявления их жизнедеятельности. такие гипотетические клетки пока не обнаружены, однако M/ gallisepticum имеет диаметр в пять раз, а элементарное тельце M. laidlawiiсе всего лишь в два раза больше чем у гипотетической клетки. [113Т,32]
Клетка E.coli из минеральных солей и глюкозы при благоприятных условиях синтезирует свою биомассу в количестве достаточном для удвоения, за 30-60 минут. Скорость протекающих в этот момент в ней биологических процессов огромная. ДНК E. coli имеет молекулярный вес приблизительно 2,8х10^9 нулетоидов. Если информация считывается только с одной нити, то в геноме E. coli К-128 содержится 1,5х10^6 кодонов. Если допустить, что в среднем молекуля белка состоит из 400остатков аминокислот, то такого количества кодонов достаточно для кодирования около 4000 различных белков. Простые количественные расчеты показывают, что для клеток E. coli периодом генерации 30 минут репликация ДНК должна идти со скоростью 5х10^3 нуклетоидов в секунду. [113Т,35]

Th Алостерический или интеллектуальный
В основе узнавания лежит высокая комплиментарность (дополнительность, совпадение в пространственном и элетронно-химическом смысле) активного центра ф